渔业争端根源在于海洋划界
隔着黄海、东海和南海，中国共有8个海上邻国。中国的海岸分别与朝鲜和越南两个国家的海岸相邻，与韩国、日本、菲律宾、马来西亚、文莱及印度尼西亚6个国家的海岸相向。但是目前为止，中国并未与这8个海上邻国划定海洋边界，中国海洋划界才刚刚起步。
截至目前，中国在海域划界方面仅有的成果是，中国与越南于2000年12月25日签署的划分北部湾海上边界的协定。此外，中国与越南正在开展北部湾湾口外海域划分的谈判。我国尚未划定在黄海、东海和南海的与海上邻国之间的绝大部分海上边界。
由于没有划定海洋边界，发生渔业纠纷在所难免。为了减少渔业纠纷的发生，目前中国与韩国、日本和越南签订了渔业协定，中日渔业协定2000年生效，中韩渔业协定2001年生效，中越渔业协定2004年生效。
这些渔业协定是在没有划定海洋边界的前提下，为避免产生更多的冲突和矛盾，便于渔业资源的管理，而达成的“暂定措施”。渔业协定并没解决海洋划界的问题，因此，渔业协定签订后中国与这些国家的渔业纠纷仍时有发生。
海洋划界问题也是一个困扰着许多沿海国的世界性难题。全世界共有150个沿海国家。据不完全统计，全球海洋中，至少要划定上百条海上边界，而目前已经划定完成的海洋边界仅占少数。
渔业纠纷只是中国与沿海邻国海洋划界众多纠纷的一个小矛盾。中国与日本之间以及中国与菲律宾、马来西亚、文莱和越南等国家之间，则不仅存在着海域划界纠纷，而且还存在着岛屿领土之争，在很大程度上也会影响到海域划界。
由于海洋划界起步维艰，矛盾错综复杂，不可能短时间解决，这必然影响了渔业纠纷的彻底解决，所以渔业纠纷必将长期存在，但是，并不能因为无法解决渔业纠纷，就可以肆意对待中国渔民。
在渔业纠纷发生地，如果是中国和沿海邻国有争议的海域内，那就很难将中国渔船的进入定性为非法捕捞，中国沿海邻国加大所谓执法力度本身就有问题，因为此时按国际法也应是船旗国有管辖权。双方均不应采取单方措施(包括所谓执法措施)激化矛盾，妨碍争议的和平解决。
如果渔业纠纷发生地在非争议区(即别国海域)，那本质上是中国渔民接受其他国家国内管辖的问题，涉及到的是国际法上的外国人待遇和基本人权问题。该国执法人员在执法过程中确实可以使用武器，但这种使用有严格的限制，要求不伤及船员和船只的安全。该国政府应该确保中国渔民在该国羁押期间的基本人权待遇和获得正当程序的审判权利。