在海南东寨港国家级自然保护区内觅食的黑翅长脚鹬。记者石中华 摄
曾经由于保护意识不强，一度对红树林造成了破坏，附近的养猪场养鸭场严重污染水质，红树林大量死亡。2014年海口对红树林进行保护，实施退塘还林工程。2014年3月30日，市人大常委会全票通过并正式颁布《关于加强东寨港红树林湿地保护管理的决定》，率先在全国以法律形式保护红树林生态湿地。该《决定》扩大了保护和控制的范围，由原来的5万多亩增至12万多亩。并明确规定，东寨港红树林湿地内禁止开垦和围垦。
毁林占地、非法猎捕、违法开发建设等对红树林的破坏极为严重，2016年海口启动了保护区边界围网建设工作，切断了外界对保护区资源的干扰与破坏；海南东寨港国家级自然保护区管理局开展不定时、不定点地巡查守护，及时发现制止破坏保护区资源行为；对鸟类、昆虫、河流水质、土壤、红树林生态因子等实施动态监测；相关部门联合执法、开展专项行动，对破坏保护区资源的乱捕滥猎行为进行严厉打击；针对东寨港自然保护区的内河流、养殖塘、餐饮业、闸门、水库及其他污染源等开展全面调查和监控工作，确保保护区水质和环境不受污染影响。