2002-03年赛季，奥尼尔因拒绝在夏季进行脚趾的治疗手术，以致该季只能上阵67场比赛，球队亦只取得50胜32负的成绩，尽管其全明星队友科比·布莱恩特（Kobe Bryant）取得当时职业生涯最佳的平均每场30分的成绩，但亦难以逃出西部第二轮被马刺队击败的厄运。球队后来以霍里为代罪羔羊，以保存奥尼尔的面子，但亦加深了他与科比之间的不和。
2003-04赛季，湖人得到卡尔·马龙（Karl Malone）及加里·佩顿（Gary Payton）的加盟，组成号称全联盟最强的梦幻阵容，再次杀入总决赛。但结果出人意料，尽管32岁而且有腿伤的奥尼尔面对双华莱士的防守得到26.6分、10.8板、1.6助攻和63%命中率的成绩，但湖人在总决赛中还是以1-4败给底特律活塞队。湖人的“黄金阵容”亦于赛后宣告崩解。奥尼尔与科比的关系进一步恶化，到了无可挽回的地步了。随着湖人高层与奥尼尔的谈判以失败告终，“大鲨鱼”转会至迈阿密，湖人队的“奥尼尔时代”终结。