2007-08赛季，对于人们对奥尼尔是否适合太阳队风格的质疑，奥尼尔于新闻发布会上即表示出不满不满，并表示要为太阳队夺取球队史上第一座总冠军。奥尼尔的第一场比赛是“老东家”湖人队，在太阳输给湖人队的这场比赛中，奥尼尔在第四节曾连取6次把比分追近。到季后赛，太阳队在首轮遭遇西部联盟劲旅圣安东尼奥马刺队，两队首战即拼战到二度加时。最后，蒂姆·邓肯的关键三分球帮助马刺队获得首胜。整个系列赛太阳队后继无力，最后马刺队以4：1的大比分将太阳队淘汰在季后赛首轮。而奥尼尔在此系列赛平均得到15.2分、9.2个篮板球的数据。
2008-09赛季，奥尼尔之前的伤痛全部消失，与前两个赛季相比表现越来越好。2009年2月27日，奥尼尔在对阵多伦多猛龙队的比赛里取得45分11篮板，这是他职业生涯第49次40分以上的比赛，带领太阳队以133-113击败猛龙队。奥尼尔得到45分之后，成为NBA历史上第二位37岁仍能拿到45+的球员（另一位是迈克尔·乔丹）。随后，在没有球队核心史蒂夫·纳什和阿玛雷·斯塔德迈尔的情况下，得到33分，率领球队战胜了西部领头羊湖人队，这场比赛也使奥尼尔成为NBA历史上第四位到了35岁还能连续两场得到30+的球员（其余三位是卡尔·马龙，阿历克斯·英格利什和迈克尔·乔丹）。而球队也做了变动，跑轰战术由“7秒或以下”的攻势，改为“7秒或奥尼尔”的选择。虽然奥尼尔入选了NBA年度最佳阵容第三队，但2009年的NBA季后赛是奥尼尔自新秀赛季未能进入季后赛后首次缺席季后赛的比赛。