1875年同治帝崩逝，择其侄子爱新觉罗·载湉继咸丰大统，年号光绪，两宫再度垂帘听政;1881年慈安太后去世，又因1884年慈禧发动“甲申易枢”罢免恭亲王，开始独掌大权;1889年归政于光绪，退隐颐和园;
1898年，戊戌变法中帝党密谋围园杀后，慈禧发动戊戌政变，囚光绪帝，斩戊戌六君子，再度训政;1900年庚子国变后，实行清末新政，对兵商学官法进行改革。
1908年，光绪帝驾崩，慈禧选择三岁的溥仪做为新帝，即日尊为太皇太后，次日17点(未正三刻)在仪鸾殿去世，葬于菩陀峪定东陵。
玩弄权术她堪称轻车熟路，应对国际局势却总是一误再误;如果在洋务运动的基础上再向前迈一步，她就成为中国的明治;遗憾的是她不仅未能迈出这步，甚至还把试图迈出这步的人给扼杀了，使中国失去向近代转轨的机遇;更可悲的是，为了泄私恨在19世纪90年代还迷信起“刀枪不入”，结果是“扶清灭洋”终成虚话，而“辛丑条约”却实实在在地套在国民的脖子上;迨至提出所谓“预备立宪”时，早已无力回天……