对因公共利益需要导致土地无法开发利用，造成土地闲置的，《规定》明确了补偿制度。根据《规定》内容，因生态环境保护、基础设施和公共服务项目建设、军事管制等公共利益需要导致土地无法开发利用，造成土地闲置的，经市、县、自治县人民政府批准，可以收回国有建设用地使用权，并按照有偿收回闲置土地补偿标准对国有建设用地使用权人给予适当补偿。有偿收回闲置土地补偿标准由省人民政府另行制定。
此外，《规定》对历史遗留未竣工闲置土地设定了两年的政策过渡期。在《规定》施行前已出让的土地，已逾期未竣工或者未逾期但距约定竣工日期不满两年，且自2022年1月1日施行之日起两年内还未竣工的，自《规定》施行满三年之次日开始征缴土地闲置费。
省人大法制委员会相关负责人表示，为切实提高土地利用效率，高效推进海南自贸港项目落地，《规定》压实政府处置主体责任。一是明确省人民政府和有关部门可采取扣减新增建设用地计划指标、暂停农转用审批等措施，对市、县、自治县人民政府闲置土地处置工作实施考核和奖惩。二是规定县级以上人民政府应当通过依法调整规划、改变土地用途等措施，鼓励和引导闲置土地盘活利用。