除生活水平和健康水平持续处于低位外，美国穆斯林还深受潜藏于社会肌理的结构性“伊斯兰恐惧症”所扰。之所以被冠以“结构性”，是因为对美国穆斯林群体的偏见全面内嵌至国家治理体系的各个层级：一方面折射在警察、媒体代表和法律体系的日常运作中；另一方面，则通过反穆斯林仇恨团体、反穆斯林集会、有组织的反对清真寺建设或扩建、破坏公物和反对穆斯林难民重新安置等社区活动直观体现出来。具体而言，美国穆斯林目前遭遇的结构性歧视可解构为四个层次：
第一，立法与司法不公制造释法、执法灰色地带。虽然宗教自由被明确载入宪法第一修正案，以确保政府在各教派之间维持中立和充分保障公民的信仰自由，但除了前文提到的特朗普颁布的13769号行政令（禁穆令）外，包括《爱国者法案》《防止暴力极端主义行动计划》等均为国家授意防范穆斯林群体的典型立法，它们的合法性基础即将穆斯林视为“危险的他者”故而理应被监视，甚至行动受限。研究表明，反伊斯兰教法和其他针对穆斯林的立法往往与移民法改革或选民身份证法等事项相互嵌套，进而制造隐形偏见并迎合对特定群体的社会恐惧心理。事实上，立法导向直接影响司法公正以及人们对司法公正的认知。故而来自警察系统的种族定性与司法歧视对穆斯林群体而言尤为突出。一则警方有意对毫无犯罪嫌疑或指控的穆斯林群体格外关注，甚至进行监视、钓鱼执法、秘密执法。二则根据社会政策和理解研究所（ISPU）的另一项社会调查，同等罪行下，穆斯林犯罪者被起诉和面临更为严厉的法律制裁的概率高达83%，而非穆斯林此项比例仅为17%，且前者监禁时长平均为后者的3倍以上。特别是当某案件被认为与恐怖主义有关时，对犯罪者可以选择性地增加刑期，该情况发生在穆斯林群体中的概率约为58%，相较之下非穆斯林群体仅25%。
第二，媒体偏见加剧美国穆斯林群体的边缘化和疏离感。美国主流媒体鲜明的反穆斯林倾向甚至可追溯至“9·11”事件之前，对穆斯林的高度污名化使之成为被媒体话语刻画的最为负面的少数群体之一。一项对《纽约时报》及《华盛顿邮报》的话语分析显示，如果暴力事件犯罪者为穆斯林则获得媒体曝光的可能性比非穆斯林犯罪多770%，篇幅长度也是后者的2倍有余。而在刻意突出穆斯林身份特征的详细报道中，刻板印象比比皆是，如频繁使用“暴力、愤怒、疯狂、不文明、非理性、危险”等带有强烈负面导向的词汇，并不同程度夹杂着“伊斯兰教是暴力宗教”“穆斯林意图破坏美国民主和西方文明”等论调。媒体在渲染“伊斯兰恐惧症”过程中发挥着“偏离放大螺旋”效应，在刺激了对穆斯林群体不甚了解的美国公众越来越多的怀疑、不安和焦虑情绪的同时也加剧了穆斯林对美利坚认同的疏远情绪，削弱了他们对政府的信任度。