正当琼崖红军在斗争中不断发展壮大、土地革命深入进行的时候，1928年3月中旬，国民党广东省当局派其第十一军第十师蔡廷锴部及谭启秀独立团来琼，对琼崖革命根据地及红军进行“围剿”。为了加强对反“围剿”斗争的领导，研究确定新的斗争策略和方针，6月初，王文明在乐四区高朗村主持召开中共琼崖第三次代表大会，讨论通过《最近总的工作大纲》，对反“围剿”斗争的组织、宣传和苏维埃政权建设等问题作出决定。大会选举产生新的特委领导成员，王文明当选特委书记。但是，新的特委领导机构组成还不到半个月，省委又派巡视员黄学增来琼对琼崖特委进行改组，由黄学增任特委书记，王文明改任琼崖革命委员会主席。琼崖特委指定王文明主持筹备成立琼崖苏维埃政府工作。王文明艰苦深入开展工作，8月12日，全琼第一次工农兵代表大会在乐会县第四区举行，琼崖苏维埃政府宣告成立，王文明当选为琼崖苏维埃政府主席。琼崖苏维埃政府成立后，颁布了临时土地法、劳动法、苏维埃组织法、保护工商业条例、惩治反革命条例和税收条例等法令，促进了苏区人民的生产生活发展，为保卫与巩固琼崖革命根据地发挥了重要作用。
1928年4月和11月，王文明先后当选为中共广东省委候补委员、委员。11月，中共广东省委扩大会议确定“以城市为工作中心”的方针，同时认为琼崖红军反“围剿”斗争受挫的原因也是由于城市工运、兵运工作没有搞好。琼崖特委书记黄学增忠实地执行省委的指示，贯彻“以城市为工作中心”方针，将党、团特委机关迁往海口。反“围剿”斗争失败后，王文明率领红军130多人和琼崖苏维埃政府直属机关共600余人，向定安县母瑞山转移，开辟新的农村革命根据地，继续坚持武装斗争。
王文明带领队伍进入母瑞山后，当即与当地党组织取得联系，开展革命根据地建设工作，发动群众，组织群众开垦创业，发展生产。在母瑞山创建根据地初期，生活异常艰苦，干部战士群众常以野果、野菜充饥。在艰苦的日子里，王文明以身作则，与官兵群众同甘共苦，一起劳动，同干部战士分吃一个饭团，共进野菜、野果餐，干部战士对此十分感动。王文明经常鼓励大家说：“困难是暂时的，只要我们坚持下去，什么困难都会得到解决。”在王文明带领下，机关干部、红军指战员艰苦开荒，开辟3个农场，建立起3个革命村庄，养牛种植作物，解决粮食问题，逐步渡过难关。1929年5月，母瑞山大山乡苏维埃政府成立，领导群众并进行土地革命，红军队伍和琼崖苏维埃政府机关逐步恢复发展，军械厂正常的生产保证了部队的供应。母瑞山革命根据地初步建立起来。