1927年4月12日，蒋介石在上海发动反革命政变，大肆屠杀共产党员。4月22日，琼崖国民党反动派也开始了反革命大屠杀。王文明在海口接到中共广东区委的指示后，当机立断，带领地委机关部分工作人员和骨干党员撤到乐会县第四区开辟农村革命根据地，组织武装力量与敌人进行针锋相对的斗争。5月，王文明和乐会县农民训练所军事主任陈永芹等在万宁县第四区的军寮村组建乐万地区的农民武装大队，由陈永芹任大队长。6月，中共广东区委特派员杨善集再次抵琼，和王文明在乐四区的宝墩村召开地委紧急会议，传达广东区委的指示，并根据琼崖的实际情况制订了对敌斗争的革命方针。会议决定将中共琼崖地方委员会改为中共琼崖特别委员会，同时成立琼崖肃清反革命委员会，杨善集任特委书记，王文明任特委常委兼肃反委员会主席。7月，琼崖特委成立琼崖讨逆革命军总司令部，在全岛各地发展武装队伍，开展武装斗争。王文明被派到定安地区开展工作。9月上旬，为了响应中共中央八七会议的号召，配合湘、鄂、赣、粤四省的秋收起义，特委根据琼崖的实际情况，决定举行琼崖武装总暴动，杨善集、王文明、冯平、陈永芹为暴动指挥。9月23日，王文明、杨善集、陈永芹率领定安、琼山、万宁、乐会四路讨逆革命军，围攻嘉积镇外围敌军据点椰子寨，打响了全琼武装总暴动第一枪。椰子寨战斗中特委书记杨善集不幸牺牲，王文明主持特委工作。
在此前后，中共南方局和广东省委相继派杨殷、徐成章等来琼指导工作。11月上旬，为了进一步贯彻“八七会议”精神，传达南方局和省委的指示，总结琼崖武装暴动的经验和教训，王文明和杨殷在乐四区的白水磉村主持召开琼崖特委第一次扩大会议，讨论通过《特委第一次扩大会议决议案》和《新的军事计划》，决定在琼崖进一步扩大武装暴动，开展土地革命、建立苏维埃政权、建立革命根据地。会议补选和调整了特委领导成员，王文明被选为特委书记。会议决定将琼崖讨逆革命军改编为琼崖工农革命军，由冯平任总司令，王文明任党代表。特委扩大会议后，王文明深入各地，具体指导全琼工作，促进全岛东、南、中、西各路工农革命军迅速发展，武装斗争捷报频传。11月下旬，工农革命军攻克陵水县城，并在12月中旬成立了陵水县苏维埃政府。12月，乐四区苏维埃政府成立。在琼崖特委和乐会县委的领导下，乐四区革命根据地进行轰轰烈烈的土地革命，烧田契、斗土豪、分配土地，并开展党、政、军和经济、文化等方面的一系列建设工作。至1928年1月，以乐四区为中心的琼崖革命根据地初具规模。此时，全琼建立了10个县(市)委，55个区委，400个党支部，党员发展到17000人。武装队伍进一步发展，各种群众团体普遍建立，全琼的革命形势出现新的高潮。
1928年2月18日，中共琼崖第二次代表大会在乐四区阳江墟召开，省委派李源、黄雍出席大会进行指导。大会上，由于受“左”倾冒险思想的影响，做出了“夺取全琼政权”的决定。会议选举李源为特委书记，王文明为特委常委。不久，李源调回省委工作，王文明接任特委书记。王文明从实际出发，正确对待琼崖二大会议决定，指挥各地党组织和各路红军开展适当规模的军事斗争，使琼崖的革命斗争稳定地向前发展，尽力减轻“左”倾冒险错误的影响。