释疑1 精神损害抚慰金如何确定？
内蒙古高院表示，该国家赔偿案件是以《国家赔偿法》第十七条第(三)项“依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的”为依据提起的，而呼格案所涉及的被执行刑罚是最为严厉的死刑，这对呼格吉勒图亲属所造成的精神损害后果无疑是极其严重的。鉴于这种特殊情况，内蒙古高院决定支付精神损害抚慰金100万元。
这个数额是内蒙古高院综合考量本案的具体情况确定的。赔偿数额超过死亡赔偿金和限制人身自由赔偿金总额的35%，是综合考虑到此案的特殊性，综合考虑到国家赔偿所蕴含的救济损害和抚慰创伤的功能，按照符合法律规定精神、符合公平正义的要求予以协商和决定的。
释疑2 为何呼格被羁押也获赔偿？
内蒙古高院表示，从国家赔偿法的规定看，因再审改判无罪请求国家赔偿的，若属原判死刑已经执行的情形，侵犯的权利客体不仅包括生命权，也包括死者生前被羁押期间的人身自由权。这两项权利的赔偿，分别规定在《国家赔偿法》第三十三条和第三十四条。本案呼格吉勒图生前受到羁押，虽然时间不长，但也依法予以赔偿。尽管呼格吉勒图的父母在书面申请中没有单列此项赔偿请求，但本着依法赔偿和主动告知权利的要求，协商中内蒙古高院主动对此予以释明，呼格吉勒图的父母要求将此项赔偿内容写入赔偿协议和决定。故内蒙古高院依法决定向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付呼格吉勒图生前被羁押60日的限制人身自由赔偿金12041.40元。
释疑3 为何赔偿不含父母生活费？
内蒙古高院称，《国家赔偿法》第三十四条第一款第(三)项虽然规定，“对死者生前抚养的无劳动能力的人，还应当支付生活费”，但本案中呼格吉勒图的父母退休后均有退休金，且高于呼和浩特市的最低生活保障标准。因此，结合《国家赔偿法》第三十四条第二款规定的条件和最高人民法院(1999)赔他字第17号和(2006)赔他字第4号两个个案答复精神，内蒙古高院向呼格吉勒图父母释明了生活费支付的前提条件应当是无劳动能力且其他生活来源低于当地的最低生活保障标准或者无其他生活来源。