中国航天员科研训练中心主任陈善广说，目前来看，人控操作所有的指标都优于自动控制。人的综合和协调处理能力，远远优于机器的操作。
“在处置意外状况的时候，人脑比电脑更可靠。”何宇说。
历史上俄罗斯和美国的航天任务中，棘手的重大交会对接问题更多来自于自动交会对接，而不是手动，自动对接对设备的可靠性要求高。
然而，手动交会对接同样面临风险。何宇说，高速运动的两个飞行器要通过精准控制实现接触，地面又无法进行一比一的模拟验证。而手控交会对接要求一次成功，“一旦发生碰撞造成对接机构受损，就意味着天宫一号无法再次进行对接”。
“有点像航空中的加油机加油，要求非常高。”中国航天员科研训练中心副主任白延强说。手控交会对接还被比作“百米穿针”。
加拿大空间专家埃里克·希德豪斯说，手控对接的主要挑战体现在用于对接的光学传感器，以及飞船与天宫分离控制时的手控操作，作用力的不平衡会造成飞船姿态的大幅波动。
“人工控制是自动控制的冗余措施，有人参与的交会对接更保险。”陈善广说，但这也对航天员提出了新的挑战。
他说，航天员操作的习惯、策略、精度和准度要求非常高，要控制燃料消耗。从世界来看，俄罗斯训练航天员手动对接，地面上的单项训练达900到1000次。中国航天员目前训练1000次以上，“让操作变成习惯”。
英国皇家航空学会空间团体主席帕特·诺里斯说，中国采取了“谨慎”航天发展路线，即在自动飞行中验证新空间技术，然后用于载人飞行。
周建平说，神舟一号到七号实现了把人送入轨道并返回地面，但当时的神舟飞船还算不上是“天地往返的运输工具”。从神八起，飞船可与在轨运行的航天器交会对接，可称之为运输工具。而神九将进一步验证飞船作为天地往返运输工具的功能，能够通过不同的交会对接方式把人送进空间站或空间实验室并返回地面。
他说，这个过程的实现将意味着中国具备向在轨运行航天器进行人员运送和物资补给的完整能力。这将是中国载人航天史上具有重大意义的一步。