《海南自由贸易港建设总体方案》在“制度设计”部分提出：“在实现有效监管的前提下，建设全岛封关运作的海关监管特殊区域。”建立健全全岛封关运作的海南自由贸易港海关监管特殊区域制度，与《中华人民共和国海关法》中的海关特殊监管区域是不同概念。
《中华人民共和国海关法》第34条规定：“经国务院批准在中华人民共和国境内设立的保税区等海关特殊监管区域，由海关按照国家有关规定实施监管。”一般所称的海关特殊监管区域，是我国开放型经济发展的先行区和加工贸易转型升级的集聚区，主要有六种模式：保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业园区、保税港区、综合保税区。上述区域内一般没有大规模的生活消费、人员往来，主要是服务于生产作业。海关特殊监管区域一般采取封闭围网管理，具备保税功能，即对区内的货物实施保税政策，从境外进入区内不征税，出区进入境内，要按照进口征税；国内货物入区视同出口，实行退税；区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。区域内更加聚焦货物贸易领域，一般不允许设立商业性设施和人员居住，对进出区域的货物按进出口实施双向海关监管。
海南自由贸易港建设全岛封关运作的海关监管特殊区域，整个区域不实施围网封闭管理，相对海关特殊监管区域功能业态更加多元，不仅可以开展一般意义上海关特殊监管区域的经济活动，还存在更广泛的商业消费、人员进出、社会管理等活动。在货物、服务、投资、金融、跨境数据、人员进出等领域实施更加开放的政策安排。