葡萄牙内政部12月30日宣布，暂停使用针对非欧盟公民的新数字边境管理系统3个月，并立即增派人员提高边检效率，以应对入境人流积压。
内政部当天发表声明说，近期旅客入境延误的主要原因是使用新数字边境管理系统，从申根区外抵达的非欧洲旅客通关速度明显变慢。
暂停使用新系统后，非欧盟旅客从里斯本机场入境时，边境检查将暂时恢复至传统的护照读取和人工盖章模式。
近期，里斯本机场入境边检排队时长屡遭诟病，最长曾超过9小时，引发大量旅客不满。据称，非欧盟旅客12月30日边检排队超过7小时，部分旅客错过转机航班，航空公司运营受损。葡萄牙航空公司协会表示，里斯本机场缺乏足够的基础设施来应对新数字边境管理系统。
欧盟成员国2025年10月12日开始在申根区分阶段引入新数字边境管理系统，以加强边境管理和信息共享、打击身份欺诈和非法移民。申根区目前有29个成员国，其中25个是欧盟成员国，另4个是冰岛、挪威、瑞士和列支敦士登。