尽管已取得不少新进展，全球数字贸易规则的制定仍面临一系列挑战：
首先，规则的兼容性不足，制约广泛适用。数字贸易规则的有效性，在很大程度上体现为全球范围内的互联互通和互操作性。当前，数字贸易相关协定及非约束性制度安排大量涌现，在规则议题和内容表述上趋同，但机制设计和实施保障等方面差异很大，使得全球范围内的制度联通、政策对接与监管协调并没有得到明显改善，导致合规成本较高。此外，国际上就数字贸易统计存在分歧，各协定关于“跨境数据传输”“数字服务”“数字身份”等界定还存在不一致甚至缺漏，进一步限制了规则的广泛适用。
其次，核心规则上各国诉求差异明显。跨境数据流动是数字贸易发展的重要前提，也是规则制定的核心议题，事关各国数据安全、国家安全、网络犯罪监管与个人隐私保护等，很难用统一规则满足各国不同的监管诉求。近一年来，一些国家就跨境数据流动出台新规，但越来越多的国家将数据视为重要的生产要素加以保护，令竞争加剧，国际互信明显不足，进而导致规则制定仍未达成广泛共识。尤其是由于发展水平差异，发达国家和发展中国家之间的分歧更大。若各方诉求难以及时有效弥合，未来多边数字贸易治理的难度将进一步加大。
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第三，数字鸿沟制约发展中国家深度参与数字贸易规则制定。数字经济与数字贸易为发展中国家融入经济全球化、参与国际分工合作提供了新机遇，成为促进全球数字红利转化和实现可持续发展目标的重要路径。但是，发展中国家数字经济发展与治理能力不足，限制了这一潜力的充分释放。对全球规则制定的参与度也有待提升，否则，规则制定无法充分反映发展中国家的诉求，并给予针对性解决方案，也就难以达成更广泛的共识、推动更大范围的数字贸易合作。
第四，各国对技术进步所带来的风险挑战存在认知差异。数字贸易发展带有明显的技术驱动性，由于各国技术发展水平差异较大，对技术走向及可能的风险挑战认识不一，各方在平衡发展与安全、创新与监管上的态度各不相同，数字贸易规则走向和能否有效执行也存在不确定性。
虽然各国在具体的数字贸易规制安排仍存较大分歧，但对于规则制定过程中存在的问题及根源已有相当程度的共识。面向未来，各国应坚持“共商、共建、共享”的原则推动规则构建，为全球数字贸易发展与疫后经济恢复，营造更加开放包容、平等合作、高效监管、风险可控的制度环境。