主要成分—红霉素的浓度不同：尽管两者的主要成分都是红霉素，但是所含红霉素的量却不同。红霉素软膏中红霉素的浓度为1％，而红霉素眼膏浓度为 0.5％。如果误用，红霉素眼膏或不能达到抗皮肤感染所需的治疗浓度。
无菌程度不同：这两种制剂在生产过程中，红霉素眼膏制备过程为无菌操作，而红霉素软膏的制备过程不要求无菌。
颗粒大小/刺激性不同：红霉素眼膏在制备过程中要求制备成极细粉，颗粒非常微小，对眼部应无刺激。
而红霉素软膏对颗粒的要求则相对宽松，只需均匀细腻，易涂在皮肤上且无刺激性。因此，不要将红霉素软膏用于眼部感染。
哪些情况下不适用红霉素眼膏？
参考《抗菌药物临床应用指导原则（2015年版）》中对大环内酯类药物使用的注意事项，红霉素眼膏使用时应注意以下几点：
对红霉素及其他大环内酯类过敏的患者不能使用。
红霉素禁止与特非那定合用，以免引起心脏不良反应。
肝功能损害患者如有指征应用时，需适当减量并定期复查肝功能。
此外，红霉素也是抗生素类药物。在使用任何抗生素药物的时候，都要时刻有“合理使用”的概念，使用前应先咨询医生或临床药师。此外还要注意使用周期，即使病情好转也要按照完整的处方服药，但也不能长期使用。
过度使用和滥用会引起细菌耐药，如果细菌对所有抗生素都耐药，我们将进入后抗生素时代，面临无药可用的窘境，到那时普通感染和轻微损伤都会有死亡风险。