隐忧四：有成果也没实惠 科研人员不愿与企业合作
回顾当年，中村认为，日本的科研环境令人窒息，特别是在商业创新领域，很多制度上的不足桎梏了该领域的突破和发展。
中村的经历听起来令人匪夷所思，这虽然已经是二十多年前的事情，但是到现在，这种情况在日本并没有得到多大的改善。
今年9月，日本国家高校协会副会长、日本名古屋大学校长浜口道成表示，在日本，研究人员缺乏与企业合作研发的动力，因为在研发过程当中，研究人员的薪水基本保持不变，即使研发出来的产品最终获得巨大成功，他们才只能从中获得多一点点的报酬。这严重打击了日本研究人员的工作积极性。
科研人员缺乏与企业合作的积极性，这一制度上的缺陷长远来说给日本经济造成了很大的负面影响。
浜口表示，举个例子来说，在上世纪80年代，日本制药占全球总量的30%，比例与美国相若。但是如今，这个比例下降至8%，而美国则上升至50%左右。“我们的科研人员过于纸上谈兵，他们只专注于理论上的科学成果，不懂得也不愿意和企业去谈合作、谈开发。”浜口说。
隐忧五：论资排辈男尊女卑 年轻、女科研人员难出头
今年9月，名古屋大学校长浜口道成公开表示为日本大量优秀的女科研人员外流的现象感到深深地担忧。
兼任日本国家高校协会副会长的浜口表示，目前日本在海外工作的2.4万名研究人员当中，有六成是女性。这个数字令他感到震惊。浜口9月在伦敦的一次演讲中指出：“在日本，女性研究人员比例只有10%。”
在浜口看来，日本女科研人员稀缺，主要还是由日本男尊女卑的传统观念导致，使得日本女性比男性承受更大的压力，更难在教育、科研等领域充分施展才能，她们也为自己的发展前途悲观，觉得在男性主宰的日本科研界很难有出头之日。
此外，论资排辈的传统观念在科研界也发挥着很大的影响力。在日本，一些人即使很有才华，但如未达到一定资历，就很难得到重用，影响积极性的发挥。
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亚洲“诺奖大国”？
早在1995年，日本国会一致通过了一个效力“介于宪法和专门法之间”的重要法律——《科学技术基本法》，提出“科学技术创新立国”作为基本国策，并在1996年由日本内阁专门制定了一个为期五年的《科学技术基本计划》。
2001年，日本出台了第二个《科学技术基本计划》，明确提出日本要在今后50年内获得30个诺贝尔奖。当年10月日本科学家野依良志获得诺贝尔化学奖后，日本重申了这一目标，并在瑞典卡洛林斯卡医学院内设立了“研究联络中心”。
尽管这一目标在日本国内也引起争议，但是，日本正在朝着这一目标靠近：在过去14年里，已经有13位日本人获得了诺贝尔奖。加上此前的9名获奖者，迄今为止，日本获得诺贝尔奖的人数总计达到22人，是亚洲国家中斩获诺贝尔奖数量最多的国家。
在22名日本获奖者当中，共有10人获得物理学奖，显示了日本在物理学领域的强大实力。同时，日本在自然科学领域的诺贝尔奖获奖人数至此已达到19人，超过瑞典，排在美英德法之后的第5位。
为了诺奖计划，日本政府曾投入了大量的资金。2000年，日本投入的科学研究经费为1305亿美元，在全球仅次于美国（2280亿美元）。但是，随着日本经济衰退，政府削减开支，从2000年开始，日本的科研经费投入再无明显增长。